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·572· 精细化工 FINE CHEMICALS 第 36 卷
3.2 定向进化 平,提高了酵母菌的乙醇耐受性;随后,Yang [31] 等
定向进化又称适应性进化,是指微生物通过进 用 gTME 方法又对 SPT15 进行随机诱变并获得了一
化提高其适应新环境的能力,能够在较短的时间内 株新的 SPT15 突变菌株,该菌株的产量和产率分别
高效地改变菌株的某些生理特性(如细胞的生长速 从 0.31 g/g 和 2.6 g/(L/h)提高为 0.39 g/g 和 3.2 g/
度,对胁迫的耐受能力等)。由于目前依赖环境条件 ( L/h),进而表明用全局转录方法对转录因子
的自然选育技术逐渐失去了获得其天然样本的条 SPT15 的定向进化,可使乙醇耐受性和乙醇产量大
件,因此,利用环境条件诱导的传统适应性进化是 幅提高。与此同时,国内赵心清 [32] 等通过对酿酒酵
微生物耐受性研究的主要手段。如耿笑林 [24] 等通过 母另一个全局转录调控因子 SPT3 进行易错 PCR,
高温适应进化,得到了能够在 38 ℃正常生长的假 并筛选在高浓度乙醇中耐受性提高的突变株,获得
丝酵母,而且其在 38 ℃时的木糖醇生产能力接近 了一株在体积分数为 10%乙醇中生长较好的突变
其在 30 ℃时的生产能力;2016 年,Nielsen [25] 课题 株。但由于部分转录因子的作用机理尚不清晰,而
组也通过定向进化的方法,得到 40 ℃下生长的耐 且微生物的遗传背景复杂且耐受性受多种机制调
热酵母菌株;Satomura [26] 等通过热激适应实验在重 控,并且实际工业中往往是多种胁迫因子共同存在,
因此单独对少数几个功能基因进行调控,不易获得
构 CDC25 基因突变菌株后,获得了在 39 ℃下有效
较大幅度的耐受性,也难获得稳定性好的菌株。
乙醇发酵菌株。从适应性进化方法近年来研究的持
3.5 理性育种技术
续热度可见,其在选育耐受性微生物方面仍具有极
后基因组时代的到来使得大量的基因功能被揭
大的潜力及优势,然而其漫长的驯化过程及巨大的
秘,同时利用多组学分析揭示出的微生物耐受性机
工作量使研究者们仍在积极探索新的方法和技术。
制及相关数据,有不少学者通过理性设计调控酿酒
3.3 基因组改组技术
酵母自身的耐受基因使其具有抗逆性。如 Hiroyuki [33]
基因组改组技术(Genome shuffling)是一种建
和 Shahsavarani [34] 等均通过多个泛素结合酶与泛素
立在传统诱变技术和细胞融合技术基础之上,对微
连接酶 Rsp5 的过表达,增强胞内蛋白质的泛素化,
生物细胞进行基因组重组的体内分子育种新技术,
使酵母菌株对多种胁迫的耐受性均得到了提高;
通过模拟自然进化的过程,将工程学原理与人工设
Qiu [35] 等通过过表达 GSH 快速清除热胁迫下的大量
计相结合,使人们可以在较短的时间里得到性状改
氧自由基,提高了酿酒酵母高温下的鲁棒性,并且
良的正向突变菌株,是目前工业微生物育种的先进
经 SSF 工艺其乙醇产量也提高为对照的两倍。以上
技术。20 世纪 90 年代,美国加州 Maxgen 公司首次
方法均是利用酿酒酵母自身的耐受机制,然而自身
提出了基因组改组技术并成功将此新技术应用于菌
株表型的改良上;2012 年,Zheng [27] 等通过基因组 的耐受机制仅限于菌株本身且提升的幅度有限,很
难达到真实物料中全局耐受的理想效果。此外,采
改组技术既提高了菌株在发酵过程的热稳定性,又
提高了谷氨酸棒状杆菌的谷氨酸产量;王灏 [28] 等通 用合成生物学“自下而上”的工程化设计思想,通
过对多种异源微生物的耐受机制构建标准化的元器
过基因组改组的方法将耐热和生产性能均较好的酵
件与模块,植入拟改造的微生物中实现其抗逆性的
母菌进行两轮基因组改组技术,在 35 ℃相对高温
改造,也是目前理性改造微生物耐受性的新方法,
条件下乙醇产量得到提高;Lu [29] 等通过基因组改组
[4]
如 Liu 等分别以腾冲嗜热菌中热激蛋白编码基因、
技术获得具有乙酸和糠醛耐受性的重组菌株,且该
泛素蛋白编码基因及分子伴侣为功能元件,以酿酒
菌株的耐高温性能也得到了大幅度的提高。由于该
酵母自身的强组成型启动子 FBA1p 为调控元件,构
技术涉及多个不同优良性状细胞的融合,先不说操
建耐热元器件库转入酿酒酵母,其中分子伴侣
作及筛选的繁琐性,单说同一种属多个不同方面性
GroESL 可以提高酿酒酵母耐热性并提高细胞的生
状优良菌株的获得就限制了该法的广泛应用。
物合成效率。同样,针对微生物某一耐受机制的理
3.4 全局转录机器工程
性设计在工业真实物料中结果往往并不显著,同时
全局转录机器工程(global transcription machinery
也并非所有的微生物特性都能通过理性的技术进行
engineering,gTME)是基于易错 PCR 进行突变从
改造,缺乏一定的普适性。
而改变用于调节基因整体转录的关键蛋白,使相关
基因的转录由一个水平转换到一个新的水平。 4 微生物多重耐受性的研究
Alper [18] 和 Chen [30] 等应用 gTME,通过对酵母细胞
存活必需的转录因子 SPT15 进行突变,从而改变了 从传统的适应性进化到基于基因组分析的理性
RNA 聚合酶的活性,改变细胞内多个基因的转录水 育种技术,一般都存在着一种技术策略适用于一种