Page 214 - 《精细化工》2022年第3期
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·636· 精细化工 FINE CHEMICALS 第 39 卷
测量吸光度来观察生长,没有观察到浑浊的测试化 性。根据 Lineweaver-Burk,Hanes-Woolf 和 Eadie-
合物的最低浓度记录为 MIC。 Hofstee 图 [30] 计算出 Michaelis-Menten 常数(K M ,
1.2.2.3 抗真菌活性测试 mmol/L),转化数(k cat ,1/s)和 k cat /K M 。
按照文献[26-27]所述的方法,设置Ⅰa~Ⅰg 和
Ⅱa~Ⅱg 质量浓度范围为 0.5~1024 mg/L,真菌浓度 2 结果与讨论
4
为(0.5~2.5)×10 CFU/mL。含有真菌细胞和 DMSO
2.1 C-4 异戊烯基化吲哚二酮哌嗪的酶催化合成
而不含任何测试化合物的样品作为对照(生长对照)
FgaPT2 酶催化合成了 7 个 C-4 异戊烯基化吲哚
和仅含有生长培养基的样品用作对照(无菌对照), 二酮哌嗪,合成收率和 HPLC 分析表明,FgaPT2 对
两性霉素 B 和多菌灵分别用作医学真菌和农业真菌 底物具有一定的选择性。根据 ESI-MS 数据分析,
的阳性对照,测试重复 3 次,通过肉眼和在测量吸 产物的相对分子质量均比各自底物的相对分子质量
光度观察生长,没有观察到浑浊的测试化合物的最 大 68,而单异戊烯基相对分子质量为 68,因此表明
低浓度记录为 MIC。 其结构中存在单异戊烯基团。Ⅱ系列产品(Ⅱa~Ⅱg)
1.2.2.4 抗氧化活性测试 的保留时间都比其底物(Ⅰa~Ⅰg)长,证明单异戊
按文献[28]测量样品对 1,1-二苯基-2-三硝基苯 二烯取代了非极性基团。从酶合成产物的 HNMR
1
肼自由基(DPPH•)的清除活性,DPPH•清除率(R) 数据可以发现,异戊烯基氢的信号,δ: 3.76~3.65 (d
按式(2)进行计算: 或 dd, H-1′), 5.33~5.29 (t, H-2′), 1.84~1.72 (s, 3H,
A A H-4′)和 1.82~1.70 (s, 3H, H-5′);而 H-1′的化学位移
R /% 1 j i 100 (2)
A o 证明了异戊烯基与芳族 C 原子的连接 [31-32] ;同时吲
式中:A o 为等体积 DPPH 溶液和溶剂的吸光度;A j 哚环的氢信号中可以发现 3 个耦合质子,比无取代
为等体积测试样品和溶剂的吸光度;A i 为等体积 的吲哚氢信号少了 1 个耦合质子,表明异戊烯基化
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DPPH 溶液和测试样品的吸光度,测试重复 3 次, 发生在吲哚部分。所有产物的 HNMR 与其底物的
取平均值。 1 HNMR 比较,明显发现,吲哚环 H-4 信号消失了,
1.2.3 饱和位点诱变提高酶催化效率 证明异戊烯基取代位置在吲哚的 C-4 位 [31-33] ,产物
1.2.3.1 分子对接的方法 的结构表征如下:
FgaPT2(蛋白质数据库 PDB 编号:3I4X)的 环-L-4-二甲基烯丙基-色氨酸-L-甘氨酸(Ⅱa):
高级结构用作分子对接的模板,考虑底物结合袋中 白色固体,收率 23.2%; HNMR (500 MHz, CDCl 3 ),
1
的氢键网络,在模型构建过程中还包括了两种底物 δ: 8.21 (s, 1H, 1-NH), 7.10 (d, J = 2.5 Hz, 1H, H-2),
分子。LeDock(http://www.Lephar.com)软件因其 6.95 (d, J = 7.5 Hz, 1H, H-5), 7.16 (t, J = 7.5 Hz, 1H,
高速度和准确性而用于对接研究 [29] 。在优化过程中, H-6), 7.27 (d, J = 7.5 Hz, 1H, H-7), 3.84 (dd, J =
14.7、3.0 Hz, 1H, H-10a), 3.15 (dd, J = 14.7、10.0 Hz,
产物分子和结合位点周围的侧链原子被视为柔性,
1H, H-10b), 4.23 (d, J = 10.0 Hz, 1H, H-11), 5.92 (s, 1H,
具有最低对接能量的结合姿势用作预测的结合模 12-NH), 3.92 (d, J = 17.4 Hz, 1H, H-14a), 3.79 (d, J =
式。使用 PyMOL 1.5(http://www.pymol.org)分析 17.4 Hz, 1H, H-14b), 5.72 (s, 1H, 15-NH), 3.76 (d, J =
和可视化对接结果。 7.2 Hz, 2H, H-1′), 5.32 (t, J = 7.2、1.4 Hz, 1H, H-2′),
1.2.3.2 定点诱变的操作 1.75 (s, 3H, H-4′), 1.72 (d, J = 1.0 Hz, 3H, H-5′) ; ESI-
+
含有 FgaPT2 的质粒用作 PCR 诱变的 DNA 模 MS [M+H] , m/Z: 实测值(计算值)312.4 (312.2)。
板,为了在所需基因位点获得特定或全部突变体(变 环-L-4-二甲基烯丙基-色氨酸-L-丙氨酸(Ⅱb):
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性),根据文献[18-19]中所述的定点诱变方案设计引 白色固体,收率 3.6%;HNMR (500 MHz, CDCl 3 ), δ:
物,并由杰顿生物科技有限公司(中国上海)合成。 8.21 (s, 1H, 1-NH), 7.10 (d, J = 2.5 Hz, 1H, H-2), 6.95
(d, J = 7.5 Hz, 1H, H-5), 7.16 (t, J = 7.5 Hz, 1H, H-6),
PCR 扩增程序中,FgaPT2 的退火温度为 62 ℃,延
7.27 (d, J = 7.5 Hz, 1H, H-7), 3.84 (dd, J = 14.7、3.0 Hz,
伸时间为 8 min 以适应热曲线。
1H, H-10a), 3.15 (dd, J = 14.7、10.0 Hz, 1H, H-10b),
1.2.3.3 动力学参数测定
4.24 (d, J = 10.0 Hz, 1H, H-11), 5.99 (s, 1H, 12-NH),
将 100 μg 纯化重组 FgaPT2 或突变体与 0.5 μg 3.96 (dd, J = 7.0 Hz, 2H, H-14), 5.75 (s, 1H, 15-NH),
CaCl 2、1 mL DMAPP(浓度 2 mmol/L)和 4 mLⅠf 0.36 (d, J = 7.0 Hz, 3H, H-17), 3.74 (d, J = 7.2 Hz, 2H,
(浓度梯度 0.01、0.025、0.05、0.10、0.25、0.50、 H-1′), 5.33 (t, J = 7.2、1.4 Hz, 1H, H-2′), 1.76 (s, 3H,
+
1.0、2.5 和 5.0 mmol/L)混合,在 37 ℃下进行培养 H-4′), 1.73 (s, 3H, H-5′) ; ESI-MS [M+H] , m/Z: 实测
60~120 min,实验重复 3 次,通过每 mg 重组蛋白每 值(计算值)326.5(326.2)。
min 异戊烯基化吲哚二酮哌嗪的形成量来评估酶活 环-L-4-二甲基烯丙基-色氨酸-L-亮氨酸(Ⅱc):